就读于名门·聖ゴータマ女子学院的友里子、碧、静三人组组成了少女侦探团，解决了各种各样的事件。某个翻墙到校外游玩后夜归的第二天，碧突然没来上课，并无声响地搬出了宿舍。感到奇怪的友里子和静前往碧的家一探究竟，却在那里遭到了学生会实相寺等人的袭击。这到底是怎么回事，碧去了哪里，而这一切的幕后黑手学园董事长到底什么目的？