宫藤芳佳在破坏了尼乌罗伊巢的战斗中失去了魔法力。501部队解散后，她回到了故乡的扶桑，过着久违的平稳生活，但是在曾经担任上官的坂本他们的安排下，她决定去欧洲的医宫藤芳佳在破坏了尼乌罗伊巢的战斗中失去了魔法力。501部队解散后，她回到了故乡的扶桑，过着久违的平稳生活，但是在曾经担任上官的坂本他们的安排下，她决定去欧洲的医学学校留学。海军兵学校与坂本的学生服部静夏一起再次前往欧洲的宫藤。另一方面，以前的501部队的队员们也散落到各地，过着各自的生活,不过，把宫藤的再渡欧和新的neuroi的征候做为契机，再次开始聚集。这时，在去欧洲旅行的宫藤和静夏之前，出现了强大的内卢洛伊，宫藤陷入了前所未有的最大危机