在击败美国“暗之科学王国”并成功说服昔日劲敌赛诺（Xeno）加入科学王国后，千空一行人终于集结全球最顶尖的科学头脑，启动人类史上最宏大的“登月计划”。为了对抗隐藏在月球上的石化元凶“Why-man”，他们需要从零建造太空船、解决无数技术难题，并唤醒更多被石化的人类。天才数学家“SAI”（七海才）等新助力登场，科学与智慧的终极对决拉开序幕——全人类复活的命运，将在这一趟奔向月球的宇宙之旅中迎来最终答案。