一天夜晚，高中生八坂真寻在路上被怪物袭击，然后被一名神秘少女所救。少女告诉真寻，她是在克苏鲁神话中登场的一个名为“Nyarlathotep”（日语为ニャルラトホテプ）的神，而且还是外星人，她是为救助被其他外星人袭击的真寻而被派遣而来的。